Rédaction Médicale et Scientifique

Voici des phrases en anglais pour écrire vos articles

Un site, the Academic Phrasebank, a pour objectif de proposer des phrases en anglais pour écrire vos articles. C'est simple et cela peut être utile..  mais rien en remplace un rédacteur médical pour mettre vos articles en bon anglais. Ce site est de qualité moyenne, car beaucoup de liens ne sont plus actifs.. donc se limliter aux phrases types....

De toutes façons, écrivez vos articles en anglais avec 3 ou 4 articles devant vous pour vous aider : des articles sur le même sujet et provenant de la revue ciblée.. cela aide, surtout pour les méthodes.

Publier vos articles refusés...

Nous sommes toujours émerveillés par ces revues qui se créent tous les jours..  dans les domaines où des affaires existent. Si vous avez des articles qui ont été refusés plusieurs fois, ne les abandonnez-pas. Il y a toujours des revues qui demandent des articles.. par exemple si vous faites "Free journals Act", vous avez accès à plein de revues peu regardantes...   mais attention dans cette liste, par accident probablement, il y a quelques bonnes revues...  Il y a quelques jours, nous avions signalé la naissance de 100 revues en 2012 dans le groupe Versita...

Accès aux données sources ? Nous ne sommes pas prêts…

Intéressant débat dans PLoS Medicine d’avril 2012, qui m’amène à réfléchir sur mon engagement pour exiger l’accès aux données sources des études cliniques, en particulier médicamenteuses. L’article de Peter Doshi et al, à propos de l’expérience du Tamiflu est convaincant : les conclusions des revues systématiques sont parfois prises en défaut car des données ne sont pas accessibles ; des revues systématiques faites à partir des rapports d’études cliniques plutôt qu’à partir des publications seraient de meilleure qualité ; les industries et agences de régulation ont toujours considéré ces rapports comme confidentiels. P Doshi et al demandent aux industries et régulateurs de rendre publics les rapports cliniques ou de justifier leurs positions.

Publication des articles H5N1 dans Nature et bientôt dans Science

Nous avons évoqué en janvier 2012 la demande de l'agence de biosécurité américiane de ne pas publier des recherches sensibles sur le virus H5N1..  les revues Nature et Science étaient concernées...  et il est inhabituel de demander cela à des revues. Finalement, après quelques polémiques et controverses, ces données, de type DURC (Dual Use Research of Concern), ont été publiées, car le comité a changé d'avis. Ces données montrent qu'en quelques mutations le virus de la grippe aviare pourrait s'adapter à l'homme. Le risque pandémique pourrait donner des idées à des groupes terroristes. Des craintes existent mais tous les experts ne sont pas d'accord sur le niveau du risque. Nature a publié le premier article le 3 mai 2012 en accès ouvert (soumis en août 2011). Science devrait publier l'autre article bientôt, et son site récapitule toute l'histoire de ces articles. Un éditorial de Nature revient sur cette histoire, et signale que ces recherches ne seraient pas restées confidentielles. Nature a considéré de rejetter l'article. Science voulait garder des données et réserver leur diffusion à des équipes "agréées". L'OMS qui a été engagé dans ces réflexions va publier des standards internationaux sur la sécurité biologique.

Imai M et al. Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets. Nature 2012 doi:10.1038/nature10831

Publishing risky research. Nature 485, 5 (03 May 2012) doi:10.1038/485005a

Création de 100 "throwaway journals" par Versita en 2012 ?

C'est impressionnant et je ne sais pas quoi penser quand je lis des communiqués de presse comme celui de Versita du 7 mai 2012 : "création de 100 revues en Open Access en 2012 ". Avons nous besoin de nouvelles revues tous les jours ?

100 Emerging Science Journals are being launched in 2012. The program's focus is on young and rapidly developing fields of science, which have not yet been covered by a designated journal. The emerging topics have been identified in Life Sciences, Chemistry, Medicine, Physics and Mathematics.

Le communiqué vante tous ces scientifiques prestigieux, dont certains prix Nobel, qui ont rejoint des comités de rédaction de revues de Versita.

Stapel : ses articles fraudés sont détaillés sur un site

Les technologies permettent de mieux communiquer sur les cas de fraude. Nous avons évoqué ce sociologue hollandais, Diederik Stapel, qui a inventé les données de quelques articles.  Plus des 30 articles ont été rétractés par des revues, et peut-être que l'on pourrait atteindre 100. Un site actualise les résultats des commissions d'enquêtes. Il y a les méthodes de travail des commissions. Pour chaque article analysé par ces commissions, nous avons accès aux conclusions avec les raisons qui ont permis de conclure à la fraude. Le rapport final sera fait plus tard.

Pour chaque article, l'avis de D Stapel est pris en compte et il collabore avec les enquêteurs. Par exemple, pour un article :

 "Noordewier, M.K., & Stapel, D.A. (2010). Affects of the unexpected: When inconsistency feels good (or bad). Personality and Social Psychology Bulletin, 36, 642-654.

• According to Mr. Stapel: fraudulent
• Fake data collection (school data), data supplied by Mr. Stapel
• Results extremely unlikely, e.g.,  too high effects, too clean data (no missings)"

 

Des ressources pour enseigner la rédaction scientifique

Barbara Gastel, de l'Université du Texas, anime le blog AuthorAid. Barbara a une grande expertise de l'enseignement des méthodes de rédaction en Asie, et met ses diapositives en accès libre sur son blog. Elle vient de réactualiser des présentations faites à Lahore, Pakistan, 27-29 April 2012. Voici les titres de ces 7 power points :

• Preparing oral presentations and poster presentations
• Approaching a writing project
• Choosing a journal and publishing an article
• Writing review articles and case reports
• Workshop: preparing and giving presentations
• Workshop: all about writing theses and dissertations
• Workshop: writing a journal article, section by section

Ne répondez pas aux sollicitations pour écrire des articles

Nous sommes régulièrement sollcités pour soumettre des articles à des revues électroniques inconnues...  Nous sommes sollicités pour écrire des chapitres pour des livres électroniques, etc...  ou sollicités pour être membre de comités de rédaction divers...  C'est honorifique, nous sommes sensibles avant de découvrir qu'il faudra payer la revue pour être publié, etc..   Est-ce de l'arnaque ou de la science ? J'ai résumé mes opinions dans un court article que la revue Info Respiration a mis en accès libre pour vous (merci à la rédaction). Vous y trouverez le lien vers le site qui liste les maisons d'éditions douteuses....

Je serais heureux d'avoir vos réactions, car ces pratiques se développent : faut-il payer pour être publié n'importe où ?

Maisonneuve H. Courriels vous sollicitant pour la rédaction d'articles médicaux : le plus souvent des spams indésirables. Info Respiration 2012; n° 108 : 22.

NEJM : les rôles des revues dans l'histoire

La série des articles anniversaires (200 ans) du NEJM continue avec un article sur l'histoire du NEJM et des revues en général (19 avril 2012). Un constat d'abord : le médecin passe quelques années à la faculté, mais toute sa vie professionnelle il est avec les revues biomédicales. Lancé en 1812, après d'autres revues, publié 4 fois par an, le premier numéro du NEJM avait un article sur François Xavier Bichat, et sur un remède français secret pour la goutte. Il y a eu beaucoup de revues créées à la fin du 19ème siècle, et le 'Surgeon general' aux USA disait "c'est inutile de conseiller à un homme de ne pas lancer une revue, comme c'est inutile de lui conseiller de ne pas se suicider"...  encore vrai de nos jours ??? A cette époque, le NEJM était largement devancé par le JAMA. Le NEJM a été racheté pour 1 $ en 1921 par la Massachussets Medical Society. Il a été appelé New England Journal of Medicine en 1952. Un tableau liste un quarantaine d'articles qui ont fait l'histoire du NEJM, la plupart depuis les années 60s. Et il y a les liens pour consulter directement tous ces articles ! BRAVO

Internet et publications scientifiques

C'est le titre d'une interview publiée dans le numéro d'avril 2012 de La Recherche. Ce thème est bien exposé pour le grand public par Yves Gingras, historien et sociologue et l'observatoire canadien des sciences et des technologies. Ces thèmes sont difficiles à vulgariser tant c'est technique : facteur d'impact, ArXIv.org, Budapest Open Access.. Difficile tant les problématiques sont éloignées entre la physique qui pourrait se passer de peer-review, et les sciences biomédicales où les maisons d'éditions privées apportent une valeur ajoutée contestée.

 Je suis d'accord quand il évoque la marchandisation de l'Université, notamment avec les indicateurs comme le classement de Shanghai, quand il explique ArXiv.org (qui a 800 000 articles en accès libre, mais pas de médecine) ; je suis plus critique quand il compare PLoS ONE avec PLoS Biology...   PLoS ONE 'est devenu une cash machine, tout en étant une organisation sans but lucratif. Ses opinions en faveur du tout gratuit sans contrôles sont respectables, mais parfois idéalistes, même si cela marche en physique.

Ces informations sont destinées à un public scientifique averti, et l'avenir d'internet et des publications reste incertain : nous verrons le meilleur et le pire.

Merci à JD Zeitoun

Gingras Y. Internet et publications scientifiques. L'entretien du mois. La Recherche 2012;n°463:75-79.

Equator se réunit à Freiburg en octobre 2012

Inutile d'aller en Californie pour cotoyer les leaders de la bonne information dans les revues biomédicales. Vous connaissez Equator, ce réseau qui compile toutes les bonnes recommandations pour écrire des articles. Equator est un lien entre les groupes Cochrane, et les rédacteurs des revues biomédicales. Le prochain symposium scientifique se déroule à Freiburg, Allemagne, les 11 et 12 octobre 2012, sur le thème "Act now: Accuracy, completeness, and transparency in health research reporting"

Abréger, c'est gêner la lecture : MSM et SAVA syndemic

Trop souvent les abréviations compliquent la lecture alors que l'auteur pense raccourcir son article. C'est une erreur fréquente que de vouloir ajouter des abréviations ; enlever les mots inutiles et les adverbes permet de raccourcir un article. 

Je suis tombé en admiration devant une abréviation qui m'était inconnue dans un titre d'article : MSM (ce ne sont pas les MST, ou IST). L'abréviation MSM est explicitée entre parenthèse dans le titre de l'article (ce qui ne justifie pas de la mettre dans le titre !). Je connaissais les SARM (Selective Androgen Receptor Modulator) en endocrinologie qui sont aussi les "Staphylococcus aureus résistants à la méticilline" ou encore MSRA (Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus) ; les IVG en cardiologie ne sont pas les mêmes en obstétrique ; les exemples sont nombreux...  Les MSM (Men who have Sex with Men) sont cités dans cet article d'auteurs chinois qui évoquent aussi les "SAVA syndemic"....   SAVA est l'abréviation de "Substance Abuse, Violence and AIDS"..  SAVA est une abréviation qui contient déjà une autre abréviation (AIDS).

Intégrité de la recherche : un concordat d'Universités anglaises

Nous avons évoqué la réunion de janvier 2012 à Londres où des rédacteurs de revues biomédicales ont alerté les institutions. Des revues découvrent des mauvaises conduites et pensent que c'est aux Institutions de les prévenir... plutôt que de protéger leurs membres, etc... Message entendu, car des Université anglaises préparent une déclaration commune, qui est en cours de consultation jusqu'au 11 mai 2102. Le Concordat pour l'intégrité de la recherche aura 5 engagements :

Prôner l'éthique ne veut pas dire respecter l'éthique

Histoire curieuse où l'ignorance des règles d'éthique des publications par P Miossec explique probablement la situation :

1) Une bonne revue, La Revue du rhumatisme, a publié un article intéressant et de qualité signé par P Miossec en seul auteur (2011;78:S154-S156) ; 3 pages... dans un supplément excellent ; cet article est une publication secondaire acceptable selon les termes de la convention de Vancouver ; ce n'est pas une publication redondante ;
2) La publication secondaire acceptable est une excellente pratique pour atteindre un public différent, suite à une publication princeps ; je vous reproduis ci dessous les règles des pages 9 et 10 de la convention de Vancouver (version française).

3) Cette publication est une traduction abrégée d'un article de Annals of the Rheumatic Diseases (ARD; 2011;70:1713-1718), citè discrètement dans le dernier paragraphe, sans commentaires ; l'auteur s'attribue seul la publication ; c'est un expert que nous avons cité parmi les relecteurs du Lancet ; il a répondu courtoisement à mon email, mais n'a pas répondu aux questions :

La Tunisie à l'honneur dans Biomaterials, et Obesity

Des français et Tunisiens dans la tourmente...   Un article de collègues de Chatenay Malabry / Orsay et de Monastir / Carthage (Tunisie) a été commenté sur un blog américain. Il s'agit d'un article de Biomaterials, juin 2012. Où est la vérité ? Les commentaires sont nombreux, et pourraient mettre en doute ce travail. Je ne connais pas ce sujet et je ne retiens que quelques commentaires simples : l'article a été soumis pratiquement le lendemain de la mort du dernier rat ! Le rationnel de l'étude est dans des articles publiés après le début de l'étude ! Par contre un article de ce travail a été publié 3 ans après la fin d'une manip... Une image serait dupliquée... il y a de nombreux commentaires techniques...   et je cite :

New York Times : la science est pourrie ?

Rarement la grande presse évoque les petits arrangements, et leurs conséquences dans les revues biomédicales. La presse grand public évoque les grands scandales scientifiques qui sont rares, alors que plus de 200 rétractations d'articles par an, c'est énorme....et ceci traduit des pratiques déviantes. L'article du New York Times du 16 avril 2012 a eu 330 commentaires en 2 jours ! FC Fang, le rédacteur en chef de Infection & Immunity (une des revues de American Society for Microbiology ASM, avec un facteur d'impact de 4) a été interviewé, suite à 2 éditoriaux (accès gratuit) dans sa revue. The Scientist du 17 avril a repris ces infos.Les éditoriaux "Reforming science: methodological and cultural reforms" et "Reforming science: structural reforms" sont très détaillés. Ils sont signés de Fang (photo), rédacteur de IAI, et de A Casadevall, nouveau rédacteur en chef de mBio, un journal électronqiue de l'ASM.

Lancet : 2643 reviewers de 71 pays en 2011, combien de Français ?

Chaque année,  les revues remercient les reviewers pour leur travail. Dans le numéro du Lancet du 21 avril 20122, Bill Summerskill les remercie : la liste complète des 2643 est en accès gratuit. Les relecteurs étaient européens (surtout UK), nord-américains ; l'Asie etait moins représentée. J'ai cherché les Français qui relisaient des articles pour The Lancet. Certaines spécialités étaient bien représentées ? Il y en a eu 84 (3 %), les voici :

Lancet Neurology a 10 ans : un succès

Le numéro de mai 2012 du Lancet Neurology est celui de l'anniversaire : cette revue a été créée en mai 2002 dans le cadre de la stratégie du nouveau propriétaire, Elsevier, et c'est un succès majeur. L'éditorial, anonyme car signé "The Lancet Neurology", d'accès gratuit, est focalisé sur les progrès de la neurology en 10 ans. Il y a quelques perspectives pour les 10 ans à venir avec 2 focus : le vieillissement, et la bonne santé des personnes âgées dans le monde. Les revues de la famille Lancet ont des orientations "Global Health". Ce n'est pas un éditorial qui vante le succès, car le facteur d'impact est de 21,66, soit le premier des 185 revues de neurlogie indéxées !

Parmi les 10 articles de Lancet Neurology les plus cités, selon Scopus, sept étaient des revues générales :

Redondance : un synonyme de l'auto-plagiat ?

Je vous avais informé d'un auto-plagiat majeur le 4 mars 2012, puis de la volonté des revues d'informer les lecteurs. La Revue neurologique a publié une information aux lecteurs, signée du rédacteur en chef, en inventant la Redondance, pour ne pas reconnaître l'auto-plagiat.

La Revue de médecine interne, dans son numéro de mai 2012, a publié une information aux lecteurs (mise en ligne le 3 avril) et c'est très bien, mais elle vaut lecture :

Yoshitaka Fujii : 192 articles fraudés ? Ultimatum pour le 30 juin 2012

Nous avons évoqué ce cas d'un anesthésiste japonais dont les articles sont suspects depuis une dizaine d'année. Quand il y a fraude dans un article, il faut analyser les publications antérieures de l'auteur (recommandations de COPE). Ce n'est pas souvent fait. Pour Yoshitaka Fujii, ce sont 23 rédacteurs en chef de 23 revues qui ont signé une lettre commune. Cette lettre de 23 pages est adressée à 10 chefs de départment d'anesthésie ou doyens des Universités japonaises ayant employé Y Fujii (qui a déjà été licencié). Cette lettre contient la liste des 193 articles pour lesquels les rédacteurs posent 3 questions :

1. Est-ce que l'étude s'est déroulée comme expliqué dans l'article ?
2. Avez-vous vérfifié les données originales, et confirmez-vous que ces données sont authentiques ?
3. Est-ce que des comités d'éthique avaient été consultés ?

Ce qui est inquiétant, ce sont en général les archives des recherches académiques....   car il faut que ces braves japonais aillent dans des dossiers de 1993, dont la plupart vers 1998/1999...    Aller fouiller dans des archives de près de 15 ans d'ancienneté ? Ceci est possible quand il s'agit d'études cliniques soumises à des autorités de santé par des industries...  mais pour des recherches académiques....  rêvons jusqu'au 30 juin. Si aucune réponse n'est parvenue à cette lettre, les 23 rédacteurs considèreront des rétractations ou des expressions de réserves pour les 193 articles...

Des industriels menacent des revues biomédicales

Ce n'est pas nouveau, mais le MARG (Mining Awareness Resource Group) a écrit à des revues dont celles du Lancet pour demander de ne pas publier des articles du gouvernement américain sur une étude. C'est une histoire connue sur le net ! Le blog Docbuzz explique les détails de cette étude DEMS (Diesel Exhaust in Miners Study) sur plus de 12 000 mineurs aux USA, et dont la conclusion est : "l’exposition aux gaz d’échappement des moteurs diesels rejetés dans l’air, multiplie par 3 le risque de mourir d’un cancer des poumons" (note : commentaire exact de D Dupagne ci dessous,.. excuses de la rédaction !)

The Lancet Oncology (avril 2012) donne des détails sur ces lettres du groupe MARG, lobby financé par des industriels. Le blog Docbuzz commente aussi cette lettre. Des articles viennent d'être publiés sur cette étude, et des rédacteurs sont motivés pour publier ces données.

Furlow B. Industry group "threatens" journals to delay publication. Lancet Oncology 2012;13:337.

Une nouvelle entité 'Les redondances', à différencier de l'auto-plagiat ?

Dans le numéro d'avril 2012, le rédacteur de la Revue neurologique, Pr JP Azulay, a ajouté une 'Information aux lecteurs'. Félicitons la Revue neurologique, et son rédacteur pour cette initiative, marque de transparence. Cette information est en réponse aux billets sur des auto-plagiats.  Le rédacteur en chef reconnait qu'il existe des "redondances" entre l'article de la Revue neurologique, et les 2 articles précédents (Revue de médecine interne et Revue du rhumatisme). La Revue de neurologie n'avait pas vu l'auto-plagiat, ni les reviewers, et c'est habituel. La Revue neurologique n'a fait aucune faute, et a réparé cette erreur en informant les lecteurs. BRAVO.

Curieusement, la note s'appelle 'Information aux auteurs' et ne reprend pas l'un des intitulés des grandes revues (correction, expression de réserves ou rétractation). Pourtant la Revue neurologique est une grande revue ! De ce fait, le lecteur n'en saura rien quand il ira chercher l'article de 2007 dans PubMed....    Les bonnes pratiques ne sont pas connues de la Revue neurologique...  Espérons que la Revue de médecine interne fera mieux.

Les formules sont d'une grande diplomatie, et ne reconnaissent aucune faute de l'auteur du texte qui avait oublié de mentionner l'auto-plagiat : cette information aux auteurs est bien écrite, bravo. Aurais-je appelé à tort "Auto-plagiat" un texte repris sans mentionner l'origine ? Faut-il définir une entité appelée "Redondances" ? 

Ce thème 'Redondances' sera à discuter en juillet 2012, lors de la 5ème conférence internationale sur le plagiat en Angleterre.

Azulay JP. Information aux auteurs. Revue neurologique 2012;168:387.

A trop nettoyer le fond du pôt, il se casse !!!

En lisant 2 articles de Nature, mars 2012, j'ai pensé à cette définition de la psychanalyse qui s'applique aux revues scientifiques...  Deux chercheurs américains, dont un ancien directeur de recherche d'Amgen, apportent des données sur la non reproductibilité des études de recherche fondamentale en cancérologie. Dans l'industrie, pour développer des médicaments, les hypothèses sont issues de travaux fondamentaux publiés dans les plus grandes revues. Sur 53 découvertes scientifiques en cancérologie (53 articles), seuls 6 (11 %) ont été confirmées chez Amgen...    Chez Bayer, même constat : 25 % des découvertes ont été confirmées...   C'est inquiétant pour la qualité des données publiées dans les meileures revues.... et une des causes est bien sûr la compétition, la course aux publications qui règlent les promotions académiques.

La moitié des abstracts de congrès donne lieu à publication

C'est toujours intéressant d'avoir confirmation de données anciennes observées dans d'autres disciplines : cet article nous dit que 76 de 154 (49 %) présentations orales au "World Congress of Sports Injury Prevention 2005 Oslo" ont donné lieu à publication sous forme d'article dans une revue. La recherche des publications a été faite dans Medline/PubMed 42 mois après le congrès. C'est un article d'avril 2012 dans BMC Research Methodology. Les auteurs (un américain et un allemand) ont voulu comparer la publication des essais randomisés en comparaison avec les études observationnelles : pas de différence sur quelques critères de qualité. Les reviewers ont bien fait remarquer les biais méthodologiques sur l'utilisation des des grilles CONSORT et STROBE, et l'article aurait dû être bref car la seule information validée tient au taux de 49 % de publications. Pourquoi les présentations orales ne donnent pas lieu à publication ? Hypothèses : "not enough time to prepare a manuscript for full paper publication ; the studies are ongoing ; relationships with co-authors could cause a barrier to final publication."

Yoon U et Knobloch K. Assessment of reporting qualitu of conference abstracts in sports injury prevention according to CONSORT and STROBE criteria and their subsequent publication rate as full papers. BMC Medical Research Methodology 2012 doi:10.1186/1471-2288-12-47

 

NEJM sur iPad

La course pour la mise en ligne des revues sur les tablettes continue. Le NEJM annonce qu'il vient de mettre sur iPad tous les numéros depuis janvier 2012. Le numéro du 23 février est gratuit sur iPad pour permettre de visionner un numéro. L'édito décrit les fonctionnalités, vidéos, etc...  Vous aurez accès aux documents de l'anniversaire des 200 ans. Je ne suis pas équipé de ces tablettes, donc vos avis m'intéressent.

Campion EW et al. The Journal's App for the iPad. NEJM 2012;366:14.